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Uno de los puntos fuertes de la distribución Debian es su gestor de paquetes apt y su interfaz aptitude. La gestión de las actualizaciones y las instalaciones de software se realiza con la ayuda de este poderoso y amigable gestor de paquetes. Con aptitude es posible, por ejemplo, actualizar todo un sistema con apenas un par de comandos.
Es imprescindible que el servidor esté siempre al día con sus actualizaciones. La comunidad debian está actualizando constantemente el software para corregir bugs y fallos de seguridad. Un sistema no actualizado es una invitación abierta para los hackers y los crackers. La mejor fuente para buscar software actualizado es internet. Se deben escoger criteriosamente las fuentes de software o repositórios y proceder con actualizaciones frecuentes.
Es también importante, seguir de cerca todas las informaciones referentes a bugs (conflictos o problemas que producen algunos paquetes) y fallos de seguridad, así como estar atentos a cuál es la mejor manera de corregir esto. La distribución edita listas con los anuncios de seguridad y con sus respectivas correcciones en la página de la distribución o si prefiere en las listas de distribución.