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Um dos pontos fortes da distribuição é o seu gestor de pacotes. A gestão das actualizações e instalações de software é efectuada com a ajuda deste poderoso e amigável gestor de pacotes. Graças ao apt é possível, por exemplo, actualizar todo um sistema apenas com um par de comandos.
: apt-get update : Actualiza a lista de pacotes existente nos repositórios. Este deve ser o primeiro comando a executar quando se pretende gerir pacotes.
: apt-get install <pacote> : Instala um pacote de software e todos os pacotes de que depende. É possível instalar vários pacotes de uma só vez, usando a sintaxe: apt-get install pacote1 pacote2 pacote3. : apt-get install –reinstall <pacote> : Re-instala um pacote, substituindo os ficheiros. Bastante útil, quando se quer repor ficheiros que tenham sido alterados entretanto.
: apt-get -u upgrade : Instala todas a actualizações disponíveis, procedendo à instalação de pacotes para satisfazer todas as dependências. : apt-get -u dist-upgrade : Instala todas a actualizações disponíveis, procedendo à instalação ou remoção de pacotes para satisfazer todas as dependências.
: apt-get remove <pacote> : Remove um pacote. É possível remover vários pacotes de uma só vez, usando a sintaxe: apt-get remove pacote1 pacote2 pacote3. : apt-get remove –purge <pacote> : Remove totalmente um pacote, incluindo os ficheiros de configuração.
: apt-cache search <critério> : Procura na lista de pacotes e mostra as ocorrências de critério.
: apt-cache clean : Remove todos os ficheiros de pacotes existentes em cache.
Por questões de segurança, é imprescindível que o servidor esteja sempre o mais actualizado possível. A comunidade debian está constantemente a actualizar software para correcção e bugs e falhas de segurança. Um sistema não actualizado é um convite a hackers e a crackers. A melhor fonte para procurar software actualizado é a Internet. Devem-se escolher criteriosamente as fontes de software ou repositórios e proceder a actualizações frequentes.
É também importante, seguir de perto todas as informações referentes a bugs e falhas de segurança e qual a melhor maneira de os corrigir. A distribuição edita listas com os anúncios de segurança e respectivas correcções quer na página da distribuição quer em listas de distribuição.